Hasta hace poco tiempo el Pilcomayo era un río de 2426 kilómetros de longitud, parte de una cuenca de 270 000 km² habitada por un millón y medio de personas para las cuales el río era una fundamental fuente de vida, y que en verano alcanzaba un caudal con picos superiores a los 1.500 metros cúbicos por segundo.
Actualmente, en cambio, el río está prácticamente seco, y próximo a desaparecer. El Pilcomayo está sufriendo un fenómeno llamado extinción del cauce por atarquinamiento, y sus causas son responsabilidad del hombre.
La sequía que el río está atravesando es la peor en 19 años y el Senado paraguayo ha declarado la emergencia ambiental. Mario Abdo Benítez, presidente de la Cámara de senadores, calificó a la sequía y a la alta mortandad de animales en la zona como tragedia ecológica.
La falta de agua es tan extrema que tan solo hay barro en su cauce, y miles de animales están muriendo. Entre ellos, los más perjudicados son yacarés y peces, aunque también son afectados, por ejemplo, los carpinchos.
Las razones de la sequía del río son dos: por un lado, la falta de lluvias en Bolivia, que provoca que la gran cantidad de sedimentos que el río transporta no pueda ser arrastrada y se acumule, extinguiendo el río; y por otro, una mala gestión de la comisión trinacional encargada de proteger el río.
